Vor der eigentlichen Laserbehandlung wird in umfangreichen Untersuchungen genau festgelegt, welche Areale der Hornhaut gelasert werden müssen, um ein optimales Sehergebnis für den Patienten zu erzielen. Diese patientenindividuellen Ergebnisse werden computertechnisch aufbereitet und in das Lasersystem eingespielt.
Für die eigentliche Femto-LASIK-Behandlung wird das Auge zunächst mit Tropfen betäubt. Anschließend wird mit dem Femtosekundenlaser ein dünner Hornhautdeckel präpariert und aufgeklappt, so dass dem Excimer-Laser der Weg zur mittleren Hornhautschicht geebnet ist. Die Behandlung der frei liegenden Hornhaut mit dem Excimer-Laser dauert nur wenige Sekunden. Hierbei werden natürlich die durch die Voruntersuchung ermittelten Werte berücksichtigt. Danach wird das Hornhautdeckelchen („Flap“) zurückgeklappt und es saugt sich in seiner ursprünglichen Lage wieder fest.
Ein bis zwei Tage nach der Femto-LASIK-Behandlung kann der Patient in der Regel ohne Brille klar sehen.